Sein Medizinstudium hatte Emil Kraepelin mit der festen Absicht aufgenommen, Psychiater zu werden. Nach Stationen in Würzburg, München, Leipzig und Leubus wurde Kraepelin 1886 als Professor für Psychiatrie an die Universität Dorpat berufen. 1891 wurde er Ordinarius in Heidelberg, 1904 schließlich in München.

Emil Kraepelin, der in Leipzig als enger Mitarbeiter Wilhelm Wundts experimentalpsychologische Methoden erlernt hatte, versuchte, eine empirisch begründete Psychopathologie zu begründen. Kraepelins auf klinischen Beobachtungen über längere Zeiträume basierende Klassifikation psychischer Erkrankungen wurde für die Psychiatrie des 20. Jahrhunderts richtungweisend. Auf ihn geht die Zweiteilung der Psychosen in die „Dementia praecox“ – Ernst Bleuler sprach später von der „Gruppe der Schizophrenien“ – und das „manisch-depressive Irresein“ zurück. Kraepelin engagierte sich zudem auf den Gebieten der Schulhygiene und Arbeitsmedizin und befasste sich – angeregt durch Wundts Völkerpsychologie, gestützt auf Beobachtungen auf einer Reise nach Java – mit transkultureller Psychiatrie.

Schon vor dem Ersten Weltkrieg beschäftigte sich Emil Kraepelin mit dem Gedanken, eine groß angelegte Forschungsstätte außerhalb der universitären Strukturen zu schaffen, um die Psychiatrie als naturwissenschaftlich orientierte Disziplin der Medizin zu etablieren. Mit finanzieller Unterstützung des Mäzens James Loeb, eines amerikanischen Bankiers deutsch-jüdischer Herkunft, gelang ihm 1917 – mitten im Ersten Weltkrieg – die Gründung der DFA, die 1924 der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft angegliedert wurde. Die neue Forschungsanstalt umfasste eine klinische, eine hirnpathologische, eine serologische und – Ausdruck der großen Bedeutung, die Emil Kraepelin der psychiatrischen Genetik und auch der Eugenik zuschrieb – eine genealogisch-demographische Abteilung.