Der gebürtige Schweizer Ernst Rüdin gehörte zu den Wegbereitern der Eugenik in Deutschland. 1907 ging er als Assistenzarzt zu Emil Kraepelin an die Psychiatrische Universitätsklinik München. Seine 1916 veröffentlichte Untersuchung zur Vererbung der Dementia praecox führte die populationsgenetische Methode der „empirischen Erbprognose“ ein, die wegweisend für die psychiatrische Genetik wurde. 1917 wurde Rüdin zum Leiter der Genealogisch-Demographischen Abteilung der DFA berufen. 1925 wechselte er auf den Lehrstuhl für Psychiatrie an der Universität Basel, behielt aber seine Stellung an der DFA bei. 1928 kehrte er nach München zurück, 1931 wurde er geschäftsführender Direktor der DFA.

Schon in der Weimarer Republik setzte sich Rüdin nachdrücklich für die rassenhygienische Sterilisierung ein. Maßgeblich trug er zur Entstehung des „Gesetzes zur Verhütung erbkranken Nachwuchses“ bei, das die Grundlage für die Zwangssterilisation von 400.000 Menschen bildete. Für die reibungslose Umsetzung des Gesetzes entscheidend war der von Rüdin geleitete Kurs „Erbbiologie und Rassenhygiene im völkischen Staat“, der im Januar 1934 in der DFA stattfand.

Als Vorsitzender der „Gesellschaft Deutscher Neurologen und Psychiater“ unterdrückte Ernst Rüdin kritische Stellungnahmen aus Fachkreisen gegen die NS-„Euthanasie“. Er gehörte zum weiteren Umfeld der planenden Intelligenz innerhalb des „Euthanasie“-Apparates. 1942 bezeichnete er in einer Denkschrift für den Reichsgesundheitsführer die Untersuchung der Frage, welche Kinder „als erbbiologisch … minderwertig eliminationsbedürftig … zur Euthanasie empfohlen werden können“, als kriegswichtiges Forschungsthema. Durch seinen Mitarbeiter Julius Deussen war er mittelbar in die Begleitforschung zur NS-„Euthanasie“ verstrickt.

1945 wurde Ernst Rüdin die Schweizer Staatsbürgerschaft entzogen. Die US-Militärregierung enthob ihn seines Amtes und verfügte seine Internierung. Im folgenden Entnazifizierungsverfahren wurde er jedoch als „Minderbelasteter“ eingestuft.