Von 1934 bis 1939 war Gerd Peters der engste Mitarbeiter Willibald Scholz’ am Hirnpathologischen Institut der DFA. Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde Peters zur Wehrmacht eingezogen. Er arbeitete zunächst am Institut für Luftfahrtmedizinische Pathologie in Freiburg unter Franz Büchner, 1942 wurde er von dort an die „Außenabteilung für Gehirnforschung“ des Luftfahrtmedizinischen Forschungsinstituts des Reichsluftfahrtministeriums abgeordnet. Diese Forschungsstätte war dem Kaiser-Wilhelm-Institut für Hirnforschung in Berlin-Buch angegliedert. Nach Angaben Büchners forschte Peters zu dieser Zeit an Gehirnen von „Unterkühlungstodesfällen“ – folgerichtig nahm Peters an der Tagung über „Ärztliche Fragen bei Seenot und Wintertod“ am 26./27. Oktober 1942 teil, bei der auch über die Unterkühlungsversuche im KZ Dachau berichtet wurde. Es gibt ferner Hinweise darauf, dass in der „Außenabteilung für Gehirnforschung“ auch Gehirne von Opfern der Unterdruckversuche „zur Rettung aus großen Höhen“ untersucht wurden, die Sigmund Rascher 1942 im KZ Dachau durchführte. Ob dies tatsächlich der Fall war und wenn ja, ob Gerd Peters damit zu tun hatte, muss auf dem gegenwärtigen Kenntnisstand offen bleiben.
Nach dem Krieg machte Peters weiter Karriere. Von 1961 bis 1974 war er Direktor des Hirnpathologischen Instituts am Max-Planck-Institut für Psychiatrie.