Willibald Scholz, der 1930 zum außerordentlichen Professor für Psychiatrie und Neurologie an der Universität Leipzig berufen wurde, hatte sich nach einem Gastaufenthalt an der DFA 1920 der Neuropathologie zugewandt. 1931 kam er als Stipendiat der Rockefeller Foundation zurück an die DFA, wo er 1936 als Nachfolger Walther Spielmeyers Direktor des Hirnpathologischen Instituts wurde. Scholz war kein Mitglied der NSDAP; öffentliche Äußerungen im Sinne der NS-Gesundheitspolitik sind von ihm nicht überliefert.

Im Zweiten Weltkrieg war Scholz als Beratender Psychiater der Wehrmacht tätig. Für das Reichsluftfahrtministerium führte er 1941 ein Forschungsprojekt über „Die Wirkung des Sauerstoffmangels auf das Gehirn“ durch. In dem von Scholz geleiteten Hirnpathologischen Institut wurden zwischen 1940 und 1944 hunderte von Gehirnen untersucht, die von „Euthanasie“-Opfern stammten. Ein großer Teil davon kam aus der Prosektur in der Anstalt Eglfing-Haar, die nach der Vertreibung Karl Neubürgers von Hans Schleussing geleitet wurde. Mitarbeiter der DFA nutzten diese Hirnpräparate für neuropathologische Studien, obwohl ihre Herkunft bekannt war.

Nach der Amtsenthebung Ernst Rüdins übernahm Willibald Scholz im November 1945 die geschäftsführende Leitung der DFA und führte sie 1954 in die Max-Planck-Gesellschaft. Im neuen Max-Planck-Institut für Psychiatrie übernahm Scholz die Leitung des Hirnpathologischen Instituts.